Microbiologie

Principaux micro-organismes d'altération

• espèces Acintobacter
• Aeromonas hydrophila
• espèces Alcaligenes
• espèces Alteromonas
• espèces Bacillus
• espèces Brochothrix
• espèces Camplylobacter
• clostridium perfringens
• coliformes
• escherichia coli
• coliformes fécaux
• espèces Flavobacterium
• espèces Micrococcus
• espèces Moraxella
• espèces Pseudomonas
• espèces salmonelle
• espèces Shewanella
• espèces Shigella
• espèces Staphylococcus aureus
• Clostridia sulphito-réducteurs
• espèces Vibrio
• levures et moisissures
• Yersinia enterocolitica et espèces liées

Espèces Acintobacter/Moraxella

Les espèces Acintobacter/Moraxella sont des bactéries de contamination associées aux viandes, abats, volailles, gibier à plumes, poissons, fruits de mer, plats cuisinés, produits cuits-réfrigérés, produits laitiers, combinaisons de produits et certaines boissons. Les sources des espèces Acintobacter/Moraxella sont les membranes muqueuses des mammifères, les fruits, les fleurs, le sol et l’eau de canal. Leur température optimale de croissance est de 25-35°C et leur pH optimal de croissance est de 5.4-6.3. Ces espèces sont capables d’oxyder l’éthanol en acide acétique et de produire de la triméthylamine, de l’ammoniac et du sulfure d’hydrogène à partir de produits alimentaires contenant des protéines métabolisantes.

Aeromonas hydrophila

Le rôle des Aeromonas dans les intoxications alimentaires n’a pas été claire- ment défini, mais des souches de certaines espèces seraient capables de provoquer des diarrhées. Les Aeromonas sont des organismes aquatiques, mais ont été isolées de nombreux aliments. Les Aeromonas spp. se développent à des températures de réfrigération.

Espèces Alcaligenes

Les espèces Alcaligenes se composent de bactéries de contamination qui peuvent être pathogènes dans certaines circonstances. Les sources des espèces Alcaligenes sont le tube intestinal de vertébrés, le sang, l’urine, les matières fécales, les écoulements d’oreille, les fluides spinaux, les plaies, le sol et l’eau.

Espèces Alteromonas

Les espèces Alteromonas sont des bactéries de contamination aérobies présentes dans les eaux côtières et les océans et donc associées avant tout à l’altération du poisson et des fruits de mer. Ces bactéries requièrent une con- centration minimale en sel pour se développer et leur température de croissance optimale est de 20°C.

Bacillus cereus et autres espèces Bacillus

Les membres des Bacillaceae produisent des spores ainsi que des cellules végétatives. Les spores peuvent survivre dans des conditions défavorables comme le séchage et la pasteurisation. Ces organismes sont généralement présents dans l'environnement ainsi que dans de nombreux aliments. Certaines souches produisent des entérotoxines si elles peuvent se développer, par exemple le Bacillus cereus dans le riz et les produits à base de farine à forte proportion d’humidité, et les membres du groupe B. subtilis - licheniformis dans les produits de viande et les pâtisseries ainsi que le riz avec viande et fruits de mer. La toxine du B. cereus est particulièrement résistante à la chaleur (126°C pendant 90 minutes) tandis que la toxine diarrhéique est inactivée lors d’une exposition à 56°C pendant 30 minutes. Des taux élevés (>105 par gramme) sont nécessaires afin de produire suffisamment de toxines pour provoquer une maladie. Les espèces Bacillus peuvent également entraîner une altération.

Espèces Brochothrix

Les espèces Brochothrix sont des bactéries de contamination communes généralement associées à des produits de viande cuite, fumée ou industrielle, de volaille et de gibier à plumes et à des combinaisons de produits contenant ces aliments. Les espèces Brochothrix sont capables de provoquer une alté- ration en nombre assez peu élevé et peuvent représenter la microflore dominante dans les produits à base de viande cuite, fumée ou industrielle conditionnés sous atmsophère modifiée ou sous vide.

Espèces Camplylobacter

Les Campylobacter jejuni et autres Campylobacters thermotolérants repré- sentent l’une des causes les plus fréquentes de diarrhée bien que les voies de transmission n'aient pas encore été clairement déterminées. Les Campy- lobacters sont présents dans les tubes intestinaux de nombreux animaux, et plus particulièrement ceux de la volaille et des oiseaux, et peuvent par conséquent contaminer les eaux naurelles et le lait cru ainsi que la viande et la volaille. Ces organismes se développent à des températures et dans des conditions atmos- phériques tout à fait particulières. Ils ne se développent pas dans les aliments dans des conditions de conservation normales. La dose infectieuse étant peu élevée, la présence d’un nombre peu élevé dans les aliments prêts-à-servir est significative.

Clostridium perfringens et clostridia sulphito-réducteurs

Le Clostridium perfringens est une anaérobie sporulée généralement présente dans les matières fécales des mammifères et le sol. The spores persistent dans l’environnement et contaminent souvent les aliments crus. Les spores peuvent résister à la cuisson, puis se développer rapidement si les aliments ne sont pas vite réfrigérés. Si cet organisme est absorbé en grande quantité à la suite de la consommation d’un certain aliment, il peut sporuler dans l'intestin et produire une entérotoxine qui entraînera une diarrhée.

Les clostridia sulphito-réducteurs (SRC) comprennent les agents pathogènes C. perfringens et C. botulinum (l’organisme responsable du botulisme). Les SRC peuvent servir d’indicateurs de l’hygiène d’une usine et aider à détecter la pré- sence d’autres clostridia pouvant entraîner une intoxication alimentaire ou une altération des aliments.

Coliformes, coliformes fécaux et Escherichia coli

Les coliformes, les coliformes fécaux et les coliformes Escherichia coli furent l’un des premiers groupes d’indicateurs bactériens utilisés dans les industries de l'eau et laitière. Ce sont les membres des Enterobacteriaceae qui fermentent le lactose. Ils comprennent les espèces Enterobacter, Escherichia, Klebsiella et Citrobacter. Ces organismes n’ont pas une origine exclusivement fécale. Les coliformes thermotolérants sont les coliformes qui peuvent se multiplier à 44°C. Ce groupe comprend les E. coli types I et II ainsi que des souches occasion- nelles de Klebsiella et Enterobacter. La plupart des coliformes fécaux sont capables de se multiplier à 44°C.

Tandis que la présence d’E. coli dans les aliments est généralement indésirable dans la mesure où elle indique des conditions d’hygiène douteuses, certains sérotypes sont pathogènes et peuvent provoquer des gastroentérites.

Les souches de l’ E.coli (VTEC) qui produisent des vérocytotoxines comme l’ E.coli 0157, peuvent se révéler particulièrement virulentes et provoquer l’apparition de symptômes allant de la diarrhée bénigne à la diarrhée sanglante sévère (haemorrhagic colitis), déclenchant même parfois le syndrome hémo- lytique et urémique (SHU) ainsi qu’une insuffisance rénale .

Enterobacteriacea

La famille des Enterobacteriacea comprend les bactéries qui sont naturellement présentes dans l'intestin des mammifères, mais peut également apparaître et se multiplier dans d'autres environnements, comme par exemple les espèces Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, Proteus , ainsi que certains des principaux agents pathogènes entériques tels que les Salmonella spp., Shigellaspp., Yersinia enterocolitica, et l’agent pathogène E. coli. Les Enterobacteriacea sont des indicateurs utiles d’hygiène et de contamination post processus des produits ayant subi un traitement à la chaleur.

Espèce entérocoque/Espèce streptocoque fécal

Les entérocoques, qui incluent les streptocoques fécaux, survivent et se développent facilement dans les environnements d'usine. Etant donné qu’ils résistent mieux à la chaleur et aux conditions défavorables que les Entero- bacteriacea, on les utilise comme indicateurs d’hygiène, en particulier avec les produits secs et les aliments surgelés.

Espèces Flavobacterium

Les espèces Flavobacterium sont des bactéries de contamination aérobies présentes dans le sol, l’eau, les viandes, la volaille, les fruits de mer et autres aliments. Elles ont par ailleurs été isolées du matériel clinique humain et des environnements hospitaliers. Leur gamme de température de croissance optimale est large (5°C-30°C).

Espèce Lactobacillus et autres bactéries lactiques

Ce groupe se compose de bactéries capables de produire de l’acide lactique à partir de substrats fermentescibles. Certaines souches ont du mal à se déve- lopper dans des conditions aérobies. Les genres que l’on retrouve généralement dans/sur les aliments sont les suivants: Lactobacillus, Periococcus, Leuco- nostoc, Lactococcus et Streptococcus. Ceux-ci sont omniprésents dans l’environ- nement et se distinguent par leur capacité à se développer à des niveaux de pH peu élevés. Les cultures starter pour les aliments fermentés comme le fromage et le salami incluent généralement ce groupe d’organismes. Leur présence en grand nombre est donc à prévoir. Ils peuvent toutefois entraîner une contamina- tion dans certains aliments.

Listeria monocytogenes

La Listeria monocytogenes est un agent pathogène d’origine alimentaire responsable de l’apparition de la listériose. L’organisme est omniprésent dans l'environnement, et une hygiène irréprochable est requise afin de réduire au maximum sa présence dans les lieux de production alimentaire. La quantité d’organismes nécessaires au déclenchement d’une maladie n’a pas encore été clairement déterminée, toutefois, cet organisme étant capable de se développer à des températures de réfrigération, son absence ou sa présence à des niveaux très bas dans les aliments prêts-à-servir est souhaitable. Bien que les autres membres du groupe Listeria entraînent rarement des maladies, ils sont fréquem- ment utilisés en guise d’indicateurs de présence de Listeria monocytogenes.

Espèce Micrococcus

Les Micrococci sont présents dans l'eau, le sol et généralement sur la peau des mammifères. Il s'agit de bactéries de contamination qui, en principe, ne sont pas pathogènes. Ils peuvent se développer en présence de sel et sont capables d'altérer des aliments, en particulier les produits de viande fumée, de pêche et de basse-cour. Il s’agit de bactéries aérobies, mais peuvent fonctionner comme des anaérobies facultatives.

Listeria monocytogenes

La Listeria monocytogenes est un agent pathogène d’origine alimentaire responsable de l’apparition de la listériose. L’organisme est omniprésent dans l'environnement, et une hygiène irréprochable est requise afin de réduire au maximum sa présence dans les lieux de production alimentaire. La quantité d’organismes nécessaires au déclenchement d’une maladie n’a pas encore été clairement déterminée, toutefois, cet organisme étant capable de se développer à des températures de réfrigération, son absence ou sa présence à des niveaux très bas dans les aliments prêts-à-servir est souhaitable. Bien que les autres membres du groupe Listeria entraînent rarement des maladies, ils sont fréquemment utilisés en guise d’indicateurs de présence de Listeria mono- cytogenes.

Espèces Pseudomonas

Les espèces Pseudomonas sont omniprésentes dans l'environnement et l’eau, et certaines espèces sont psychrotrophes. La Pseudomonas aeruginosa revêt une certaine importance clinique en tant qu'agent pathogène opportuniste, mais a rarement été impliquée dans une infection gastro-entérique. Les autres pseudomonads jouent un rôle capital dans l'altération des aliments, et plus particulièrement celle des aliments refroidis. Des niveaux supérieurs à 107 cfu/g ou ml d’aliments peuvent entraîner des flaveurs étrangères, des odeurs étran- gères et des défauts apparents.

Espèces salmonelle

Les Salmonella spp. sont des organismes d’origine fécale. La majorité des espèces sont considérées comme potentiellement pathogènes pour les humains. Ces organismes survivent et peuvent se développer dans des environ- nements d’usine. Les Salmonella spp. sont chaque année à l’origine d’un nombre élevé d’intoxications alimentaires.

Espèces Shewanella

Les espèces Shewanella sont présentes dans toute une série d’environnements différents parmi lesquels le sol, l’eau et les produits alimentaires altérés tels que les produits de la mer, de basse-cour et laitiers.

La Shewanella putrefaciens provenant des poissons et des fruits de mer peuvent être pathogènes, mais restent très rares.

Espèces Shigella

Les espèces Shigella sont des membres des Enterobacteriacea. Il s’agit d’agents pathogènes entériques hautement infectieux, qui se diffusent très facilement par la voie fécale-orale. La dose infectieuse est très basse. Les aliments peuvent être contaminés par le personnel manipulant les aliments ou par une eau d’irrigation contaminée. Les maladies d’origine alimentaire causées par les Shigella sont relativement rares au Royaume-Uni.

Espèces Staphylococcus aureus

Les Staphylococcus aureus (S. aureus) peuvent être associés à la peau, au nez et à la gorge d’individus en bonne santé, mais aussi être la cause de furoncles et de nombreuses infections de la peau et de plaies. Dans des conditions favorables, il est capable de se développer dans des aliments, et certaines souches peuvent produire une entérotoxine résistante à la chaleur. Il est utilisé comme indicateur de l’état d’hygiène général et du respect des procédures en matière de manipulation des aliments. Sa présence, en particulier en nombre élevé (>104 par gramme), indique la présence potentielle d’entérotoxine et un risque élevé d’intoxication alimentaire. Si un mauvais contrôle de la température favorable à son développement a été effectué avant le traitement à la chaleur, l’entérotoxine peut survivre malgré l’absence de cellules S. aureus viables.

Vibrio parahaemolyticus et autres espèces Vibrio

Le Vibrio parahaemolyticus est un organisme marin capable de provoquer une diarrhée profuse et est souvent associé aux fruits de mer et aux coquillages provenant des eaux chaudes. La dose infectieuse n’est pas connue ; sa présence en nombre élevé (>102 par gramme, par ex.) est considérée comme inacceptable. Le V. cholerae est l’organisme à l’origine du choléra et se transmet généralement via l’eau contaminée et la voie fécale-orale. Un certain nombre d’autres espèces de Vibrio revêtent une importance pathogène (comme le vulnificus, par ex.) et seraient associés à la consommation ou à la manipulation de fruits de mer. La présence de vibrios dans les fruits de mer cuisinés indique soit un traitement inadéquat à la chaleur soit une contamination post processus.

Levures et moisissures

Les levures sont une cause fréquente d’altération des aliments, et plus particulièrement des aliments acides tels que les fruits et les jus de fruits, et des aliments à faible activité de l’eau (aw) comme les pâtisseries. Elles ne sont pas impliquées dans les intoxications alimentaires. Les moisissures peuvent également jouer un rôle significatif dans l’altération des aliments. Certaines souches sont par ailleurs capables de se développer à des valeurs d’activité de l’eau très basses (0.6-0.7, par ex.), entraînant l’altération de denrées microbiologiquement stables comme les produits de boulangerie. Bien que les moisissures ne soient pas à l’origine d’intoxications alimentaires, certaines souches peuvent produire des mycotoxines capables de provoquer de graves maladies chroniques si elles sont absorbées.

Yersinia enterocolitica et espèces liées

Les espèces Yersinia sont également des membres des Enterobacteriacea, et sont capables d’un développement psychrotrophe. Le Yersinia enterocolitica et autres organismes liés sont largement répandus chez les animaux de tous types et présents dans de nombreux environnements. Les sérotypes pathogènes reconnus appartiennent au Y. enterocolitica et sont généralement associés aux cochons. Ces souches peuvent provoquer des gastroentérites, mais aussi entraîner de nombreux symptômes. La dose infectieuse n’est pas connue.